ストーリー シャドー・モセス事件（前作）から２年。ソリッドスネークとオタコンは反メタルギア団体「フィランソロピー」を設立し、メタルギアの亜種の調査・破壊活動を行っていた。ある日、米軍海兵隊が独自に「対メタルギア用メタルギアRAY」の開発を進め…